段祺瑞主動道歉，袁世凱間接道歉，化解了彈劾段祺瑞危機，暫時減緩了第一屆內閣政府的種種矛盾。儘管此間事了，可是從這件事上大家看出來王永安的能力，也看出來袁世凱與唐紹儀之間的矛盾，南方報紙開始大肆報道北洋內部矛盾，並聲稱袁世凱渴望獨裁統治中國云云，批評袁世凱是一個獨裁總統，不肯放權。
段祺瑞的篡越行為最終以失敗而告終，他得知前因後果，知道是王永安在背後搗亂，於是將這個仇恨記在了王永安頭上。
其後各部長開始陸續釋出內閣十二部的組建宣告和人員結構，並陸續接管前朝的各種職能，農林部長陳其美拒不接受任職，他表示自己願意留在上海戡亂，防止有人趁機攪亂政府。陳其美是絕度不相信袁世凱的，他的軍隊也不願意接受陸軍部的整編。但陳其美耍了一個花招，他下令自己的部隊搖身一變成為警察，而警察一般都是歸地方政府管理，這導致了中央拿這個拒不上京的陳其美毫無辦法。最終袁世凱大怒，免除了陳其美工商部長一職，同時委任鄭汝成擔任上嗨督軍，只讓陳其美擔任上嗨工商理事會主席。
工商部長既然被免職，那麼便空下拉一個位置，袁世凱授以唐紹儀提名蔣作賓擔任新的工商總長。這蔣作賓是武漢革命黨，與南京革命黨勢不兩立，此舉引起了南京革命黨的不滿，當袁世凱將委任書提交國會之後，立即遭到以南京革命黨人為首的國會的拒絕，國會未透過蔣作賓擔任工商部長。
國會的這一舉動進一步加劇了南京與武漢革命黨之間的矛盾，隨後袁世凱提議參議員劉揆一擔任工商總長，雖然劉揆一是鄂省人，但是他一直在南京，因此獲得了透過。劉揆一擔任工商總長之後，內閣十二部總算是湊齊了，隨後人事任命陸續頒發下來。
然而各部之中唯獨陸軍部的人事任命頒發得最慢，尤其是陸軍次長的委任書，也許是段祺瑞忘記了，也許是他有意為之，偏偏不給王永安頒發，以至於陸軍部各總署人事任命都頒發下來，獨獨王永安的任命書沒有。
大家都知道這是段祺瑞在報復王永安，紛紛替王永安擔心。可是王永安卻非常悠閒，每天在京師四處遊玩，看不出半點的焦躁之情，反倒是段祺瑞急了。終於在唐紹儀批評陸軍部人事混亂之後，段祺瑞頒佈了人事任命，王永安擔任陸軍次長，主持軍事教育與軍紀軍法管理工作，並派遣王永安立即前往保定陸軍士官學校整理混亂的校區。
王永安隨後派遣手下姜登選前往保定陸軍士官學校，然後故意來到陸軍部向段祺瑞報告，申請保定陸軍士官學校經費五十萬兩銀子用於改善軍校建設，氣得段祺瑞說：“有五十萬兩銀子，我就能夠建兩個鎮的軍隊了。”
“辦什麼事兒不要錢呢，現在的軍校教學樓老舊，教具簡單，學生訓練環境奇差無比，如果再不改進，全國人民都會罵你這個陸軍部長無能了。”王永安故意說道。
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段祺瑞氣得夠嗆，讓王永安自己去解決。
王永安離開陸軍部，當真自己去解決了，他倒沒有用自己的錢，而是想到了一個辦法，借錢。他找到四國銀行，除了洽談迪海鐵路一事，還希望四國銀行能夠提前支付一筆銀子。等陸軍部有錢了，再還給陸軍部，並且他以陸軍部的名義去借錢，將來四國銀行籌錢，大可以向陸軍部討要。
四國銀行考慮了一番，決定借給陸軍部十萬兩銀子，王永安高高興興地拿著這十萬兩銀子向段祺瑞表功，氣得段祺瑞大喊道：“王靖雲，你怎可以陸軍部名義借款？”
“不是你讓我自己想辦法嗎？我這都是為了中國的陸軍著想，我能借到銀子是我的本事，你應該表揚我才是。不過我不需要這種表揚了，只是這十萬兩銀子全都被我用在軍校的建設上了，不知道段總長什麼時候有空，我帶你去保定陸軍士官學校看一看，什麼叫做舊貌換新顏，什麼叫做……”
“滾！滾！滾！”段祺瑞氣得鼻子又歪了。
王永安與段祺瑞在陸軍部鬥智鬥法被傳到了袁世凱的耳朵裡，袁世凱也頗感無奈，若是別人也就罷了，肯定被袁世凱免職算了，可偏偏是這個王永安，此人能量不小，前一次險一些讓自己下臺。段祺瑞成了王永安的上司，日日提心吊膽，此人腦後生有反骨啊。
當然，袁世凱最近焦躁的不只是陸軍部的內鬥，各界報紙紛紛對他的批評，讓他壓力倍增。幾日之前全國報紙稱讚袁世凱是中國的華盛頓，這才過了幾天，袁世凱就成了報紙陛下的獨裁者了。
袁世凱也氣得夠嗆，他指責報紙亂說話，並要求內務總長趙秉均立即抓捕那些亂說話的報紙編輯。趙秉均表示為難，那些報紙都在法租界內，自己無法進入法租界抓捕。
“礙事的法國佬。”袁世凱只能大罵法國道。
恰巧法國人此時向民國政府提出，向能夠擴**租界範圍，楊度建議說以此作為條件，讓法租界不再庇護那些反動編輯。袁世凱考慮一二之後，還是拒絕了楊度的建議，並同時拒絕了法國人擴**租界的要求。
此時四國銀行與日本向袁世凱施壓，要求袁世凱儘快批示迪海鐵路計劃，袁世凱不敢隨便簽署迪海鐵路修建計劃，畢竟如果將這條鐵路交給洋人，則極有可能揹負罵名。此時段祺瑞與王永安之間的矛盾越來越深，段祺瑞指責王永安支援六國合建鐵路是賣國行為，沿線礦山資源會被外國列強榨乾。而王永安則認為沿線礦產埋在地下，自己國人沒有資金沒有技術開採，即便有資金有技術也沒有鐵路交通開採，倒不如讓外國人建廠，帶動沿途中國百姓經濟，而且除了日本外，四國銀行並沒有對中國有領土的野心。
段祺瑞則認為讓外國人在中國劃地盤佔地方就是賣國，於是王段矛盾越來越深，陸軍部內幾乎不得安生。