消滅王郎後，劉秀的主要敵人就是活躍在河北的數十支實力不等的農民軍。這些揭竿而起的兄弟對於劉秀這個外來戶總體上來說是排斥的，因此劉秀必須揀其中的一些硬柿子捏，殺一儆百以德服人，最終才能化劍為犁恢復民生，從而擁有逐鹿天下的實力。
見劉秀在河北日益壯大，更始帝極為不安，他遣使至河北，封劉秀為蕭王，令其交出兵馬回長安領受封賞。
這時護軍朱祐對劉秀說：“長安政治混亂百姓失望；人心所歸就是天命。請您別耽誤自己。”朱祐是南陽宛城人，劉演、劉秀哥兒倆跟他都很要好。劉演做大司徒的時候，就派他為護軍。劉秀進攻河北的時候，也派他為護軍，好得像一家人似的。劉秀聽到他的話後，不讓他說下去，便說：“刺奸將軍快把護軍逮下去！”可是劉秀的口氣並不嚴厲，刺奸將軍並沒有動手。
“刺奸將軍”是潁川人，名叫祭遵，從小喜歡讀書。他家裡很有錢，可是他非常節儉，不講究穿衣吃食，對別人也十分恭敬。劉秀在昆陽打敗王尋、王邑以後，路過潁川時碰到祭遵。劉秀因為他名氣大，又喜歡他的風度，就把他收在部下，叫他管理軍營裡法令的事。有個伺候劉秀的小郎犯了法，祭遵就把他殺了。俗話說打狗要看主人面，劉秀的小郎就算犯了法，也該由劉秀自己去辦，至少得向他請示一下。祭遵自作主張就把他殺了，劉秀自然發脾氣，叫左右去把祭遵抓來。當時有人攔住說：“您一直吩咐我們奉公守法。現在祭遵執行您的命令，怎麼能把他辦罪呢？”劉秀一聽不但沒把祭遵辦罪，還拜他為“刺奸將軍”。
漢軍越來越多。劉秀重新編排人馬整頓隊伍，在可能的範圍內讓士兵們自願分配到各營裡去。士兵們都說：“願意撥在大樹將軍的部下。”劉秀還不知道誰是“大樹將軍”。
原來“大樹將軍”是偏將軍馮異的外號。馮異為人謙遜，從來不說自己的長處。上陣打仗他跑在頭裡；平時行軍或者不受敵人攻擊的時候，他老落在各營的後面。將士們休息的時候，免不了要聊聊自己打仗的經過。將軍們也會談談自己是怎樣打敗敵人的。有時候為了爭功，甚至鬧得臉紅脖子粗。偏將軍馮異聽到將士們爭功，就偷偷地溜到大樹底下躲著。因此軍隊裡就稱他為“大樹將軍”。
耿弇聽說劉秀要回去，急得什麼似的，非把劉秀留住不可。他一直跑到劉秀睡午覺的地方對他說：“王郎雖然消滅了，天下還亂著哪。更始不能成大事，非失敗不可，我看他長不了。”劉秀坐起來說：“你說什麼？我應當把你斬了。”耿弇說：“大王平日像對待兒子一樣對待我，所以我才赤膽忠心地替大王打算。”劉秀一瞧沒有別人，就笑了一下說：“我跟你開玩笑。你說吧。”
耿弇說：“更始君臣只知道享樂，不知道處理朝政；皇親國戚都在京都裡欺壓百姓，橫行霸道；將士們在各地擄掠財物、強搶婦女。以前人心思漢，現在又回過頭來想念王莽了。再加上銅馬、赤眉、青犢、大彤等幾十處人馬，更始沒法對付他們。所以我說他長不了。大王您在南陽首先起義，在昆陽消滅敵人的百萬大軍。現在平定河北天下歸心。只要大王登高一呼，準能天下響應。為什麼把天下讓給別人呢？”
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劉秀不說話。虎牙將軍銚期也進來了。他說：“河北接近邊界，壯士都能打仗，原來是出精兵的地方。只要大王能夠順從民心，誰敢不聽指揮？”劉秀說：“你別瞎說。”但他卻又出去對更始的使者說：“王郎雖然消滅了，但河北還沒有平靜，我一時動身不了。”
來使只好辭去。從此劉秀就留在河北。他拜耿弇為大將軍，派他和吳漢往北徵調各郡的兵馬。有幾個郡守抗拒命令，耿弇和吳漢就把他們殺了。等兩個將軍帶領北方的大軍回來，劉秀的兵力更強了。他親自帶領大軍打敗另一支農民起義軍銅馬，投降的人有幾十萬。劉秀把幾個歸順他的頭子封為列侯。打這兒起，他們都服了劉秀，願意聽他指揮，這樣一來，關西一帶的人都管劉秀叫“銅馬皇帝”。接著劉秀又想去進攻燕、趙。
北方還沒平定，東邊的赤眉軍反倒越來越強大。赤眉兵大多是樸實的農民。他們雖然打了勝仗，可是並不想割據地盤，他們的首領樊崇壓根兒沒有做皇帝的打算。只要推翻殘暴的政權度過災荒，能夠回家安心生產就是了。因此他們佔領了濮陽和潁川以後，一聽說劉玄做了皇帝恢復了漢朝，就按兵不動。更始從宛城遷都到洛陽的時候，派使者去叫赤眉歸順。樊崇帶著二十幾個首領跟使者來到洛陽。更始帝敷衍了一下，把他們封為列侯，可是光有個空名沒有封地，也不供應二十萬赤眉軍的糧餉。樊崇和首領們大失所望，他們找個機會都逃了回來。
公元24 年 2 月，樊崇率領二十萬大軍往西進攻長安。他們順利地進了函谷關。劉秀得到報告後，就派鄧禹去打樊崇。可是更始的大將朱鮪和李軼還在洛陽，隨時可以打到河內來。劉秀拜寇恂為河內太守，又拜大樹將軍馮異為孟津將軍，統領河上的兵馬，防備洛陽那邊。他這麼佈置完了，就拜鄧禹為前將軍，分給他三萬兵馬向關內進攻，自己率領大軍去進攻燕、趙。
河內太守寇恂吩咐各縣練兵，尤其是練習射箭。他用竹子做了一百多萬支箭，養馬兩千匹，收租谷四百萬斛作為軍糧，源源不絕地運到前方去，他真是個“賽蕭何”。孟津將軍馮異這會兒獨當一面，他也不再躲在大樹底下了。果然，鎮守洛陽的朱鮪、李軼聽說蕭王往北去了，就趁機會去進攻河內。
馮異料到朱鮪、李軼他們一定會來進攻，就寫了一封信給李軼，書中略雲：
愚聞明鏡所以照形，往事所以知今。昔微子去殷而入周；項伯叛楚而歸漢；周勃迎代王而黜少帝；霍光尊孝宣而廢昌邑，彼皆畏天知命，睹存亡之符，見廢興之事，故能成功於一時，垂業於萬世也！苟令長安尚可扶助延期歲月，也恐疏不間親遠不逾近，公豈能安居一隅哉？今長安壞亂赤眉臨郊，王侯構難大臣乖離，四方分崩異姓並起，故蕭王跋涉霜雪經營河北。公誠能覺悟成敗亟定大計，論功古人轉禍為福，在此時矣！若待猛將長驅嚴兵圍城，雖有悔恨亦無及矣！
李軼得書，躊躇了好多時，暗想從前起事，本與劉秀兄弟相親相愛，後來劉玄稱帝朱鮪得勢，他就倒在朱鮪一邊，還幫著他殺了劉秀的哥哥劉演。為了這事所以才不敢投奔劉秀，但也不願意再幫朱鮪。現在劉玄庸弱不足有為，赤眉樊崇等又分道入關，西兵連敗長安危急，眼見不能久存。不得已含糊作復，交與來使帶回。
馮異收到李軼的回信，知道他不會跟他作對。就帶著一萬多精兵往北打下天井關和上黨的兩個城。
馮異派人把李軼的回信送給劉秀，劉秀覺得李軼這傢伙不能輕信，於是故意把李軼寫信給馮異的事洩露出去，並且添油加醋。朱鮪得到訊息後怕李軼謀反，就派人去把他殺了。劉秀計中有計借刀殺人，也為此報復兄仇。
卻說這時又出了兩個皇帝，一個是孺子嬰，一個是公孫述。孺子嬰被王莽廢黜後，改稱定安公，以後一直關著，跟外界沒有來往，年近弱冠尚不識豬狗。王莽將孫女嫁給他，即王宇的女兒。及王莽受誅，孺子嬰才得自由，一直住在長安，他是劉家不折不扣的皇太子，平陵人方望把他接到臨涇，硬加推戴立他為帝，自己做了丞相。更始帝劉玄派部將李松征伐。方望究竟力量不夠，打了一仗後全軍覆沒。孺子嬰做了一個月傀儡皇帝，竟致斃命，方望也死在亂軍之中。
這一個皇帝完了，另一個皇帝是成都的公孫述。他是扶風茂陵人，很能幹，又有名望。劉演、劉秀在南陽起義的時候，公孫述就在成都招募兵馬響應漢軍。
公孫述起兵打的是漢軍旗號，可是更始並沒有給他封號，也不把他當作自己的部屬。公元24年，更始派兵攻打公孫述，公孫述吩咐他的兄弟公孫恢發兵對敵，公孫恢把更始的軍隊打得大敗而逃。打這時起，公孫述的威名更大了。他就自立為蜀王。當地的老百姓和鄰近的部族全都歸附他。他的部下也希望攀龍附鳳，勸他即位。有個部下叫李熊的還說了許多理由，請他趕緊做皇帝。公孫述就自立為天子，拜李熊為大司徒，自己的兄弟公孫光為大司馬，公孫恢為大司空。關中的豪強都來歸附公孫述。公孫述有了幾十萬士兵，糧草充足，就在南鄭蓋了宮殿，端端正正地做起皇帝來了。
公孫述做了皇帝，勢力越來越大，劉秀一班人都著急起來。他們又去要求他即位。劉秀問馮異四方動靜。馮異說：“更始的幾個重要大臣都跑了，他一定失敗。天下沒有主人，人心惶惶。上為社稷，下為百姓，大王應當聽從大家的意見。”劉秀說道：“我昨夜夢赤龍上天，醒後尚覺心悸，恐帝位不易居呢！”馮異一聽急忙下席拜賀道：“天命所歸精神相感，還有甚麼疑義？若醒後心悸，這是大王素來慎重乃有此徵，不足為憑。”
公元25年六月，劉秀批准眾議擇日受朝。這一日天高氣爽旭日東昇，劉秀戴帝冕，服龍袍，出乘法駕，由諸將擁至南郊祭天，祝官宣讀祝辭道：
王莽篡位，秀發憤興兵，破王尋王邑於昆陽，誅王郎銅馬於河北，平定天下，海內蒙恩，上當天地之心，下為元元所歸。皇天大命，不可稽留。秀敢不敬承？欽若皇天，祗承大命。
劉秀就是後來的漢光武。那時三十一歲。漢光武拜鄧禹為大司徒，把他當張良看。鄧禹才二十四歲。