史迪威立即向正在第二次魁北克會議上的馬歇爾報告，彙報中國戰區情況，他認為中國各戰區戰況很糟糕，這是蔣介石指揮無能所致，如果繼續讓蔣介石指揮軍隊，後果將不堪設想。
馬歇爾在驚愕之餘，立即接通了羅斯福辦公室的電話。馬歇爾在向總統彙報中國戰區情況的同時，表述了陸軍部的意見：史迪威已升為上將，他可以作為中國戰區的司令，指揮中國軍隊，以阻止中國戰區的潰敗。
羅斯福聽以這個訊息後，也十分震驚。滇緬印戰場一切都在按計劃進行，盟軍勝利已經在望，只要中、美、英三國協力配合作戰，日軍很快就會在太平洋地區及東南亞地區掛起白旗。他絕不容許破壞盟軍計劃。
總統當即同意馬歇爾的意見。這位大總統過於激動，連外交禮節都顧不上，忙於9月18日直接給蔣介石發電報：
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“為了防止日本人達到他們在中國的目的，當前你唯一能做的就是立即增援怒江那裡的中國部隊，並要他們發動攻勢，同時立即授予史迪威將軍指揮你全部軍隊的權力，並不加限制。我現在要求你採取的行動將有利於我們作出決定，即保證並增加對華援助......如果再我拖延下去，你們和我們為挽救中國所作出的一切努力都會前功盡棄。”
得知這個訊息，史迪威的狂喜之情溢於言表，他在當天的日記中寫道：“花生米投槍擊中了這個小人物的太陽穴，並且穿透了他。真幹淨利索，他除了臉色發青，說不出一句話來，眼睛一眨不眨。”
史迪威是職業軍人，對看不慣的事情直言不諱，不喜歡官僚主義的繁文縟節和裝腔作勢；而蔣介石則正好相反，他愛慕虛榮，注重含蓄，強調上下尊卑，有著極強的“身份意識”。於是，史迪威與蔣介石的矛盾就不可避免地發生了。赴華工作不久，史迪威就視蔣介石為“一個無知、專橫、頑固不化的人”，在朋友中輕蔑地稱蔣為“花生米”（意即笨蛋、小人物）。同時他還看不慣國民黨政 府的腐敗和獨裁，說國民黨政 府的獨裁和德國納粹的獨裁一樣，都是“強盜行徑”。當然，蔣介石也很討厭這個美國人。
除了性格差異之外，兩人的工作目標也根本不同。史迪威關心軍事問題，要對“美國對中國政 府援助的效力”負責，同時要提高中國軍隊的戰鬥力，以促進抗日戰爭的勝利。他認為，國民黨軍隊處在令人絕望的狀態，因此建議裁軍一半，並撤掉不稱職的軍官，同時由美國來訓練和裝備首批30個師，最後達到100個精銳師的規模。他還建議改變軍事物資運輸只依賴駝峰航線的狀況，認為只有開闢一條經緬甸的陸上運輸線，才能保障軍事物資的充足，以打敗日軍。
但在蔣介石看來，史迪威的建議十分討厭。因為改編軍隊將打破中國政治力量的平衡，不利於蔣介石和國民黨政 府的“統治”。如果按照史迪威的主張去做，軍權很有可能落入蔣介石的政敵—李宗仁和白崇禧之手。另外，到了抗戰相持階段，國民黨政 府一直消極抗日，因為蔣介石認為，盟國參戰後，中國戰勝日本是肯定的，但國民黨與共產黨的角逐尚屬未定之局，所以他的首要任務是儲存軍事實力和加強自己的權力。
史迪威和蔣介石的合作很不愉快，改編軍隊的計劃被擱淺，國民黨軍隊的戰鬥力也沒能得到有效提高。1944年，豫湘桂戰役爆發，國民黨軍隊一潰千里，徹底暴露了軍事上的無能和腐敗，同時也暴露了國民黨政 府消極避戰的思想。此時，史迪威認為“治療中國頑症的藥方就在於除掉蔣介石”，他甚至以詛咒來表達對蔣介石的不滿。
當然這時候的蔣介石反覆解讀這篇電文，他感到十足的火 藥味，一個核心，美國總統這是要讓他交出兵權。
蔣介石倚重美國，為的是美援助的物資，更是要借美國支援來鞏固他的統治。他做夢也沒有想到要讓他交出兵權。他是絕不對不可能讓史迪威這個親共分子來控制自己的軍隊。為了牢牢掌握手中的軍權，蔣介石橫下心來，不惜損傷與美國的關係，也要與羅斯福一爭，必須讓美國召回史迪威。
在複雜的政治鬥爭中蔣介石是一位老手，他立即給羅斯福回電，在給總統的備忘錄中他怒不可遏地指責史迪威，說史迪威沒有和他“合作的意願”，希望總統考慮另派合作者。對於交出兵權事，他明確地表明，這是國家主權大事：“予同羅斯福總統對於中國有竭誠援助之德，故平日對羅斯福總統之主張無不尊重，但此次之事涉及立國主義、國家主義及人格，不能遷就，否剛從使盟國作戰勝利而我國已失，雖勝猶敗。”
話講的很明了，蔣介石不可能交出兵權。
從兩國戰後利益考慮，解決此次危機應該還有捷徑。
中美高層相互指責，龍陵久攻不下成為焦點。蔣介石為了推卸他指揮上的失誤，將宋希濂作為替罪羊，同時要求羅斯福召回史迪威。
羅斯福在戰後中美利益與任用史迪威二者之前進行權衡，最後，他也丟擲了史迪威。
9月22日宋希濂交出了兵權。
10月19日羅斯福也正式致電蔣介石決定召回史迪威，派出赫爾利來到中國。
10月21日史迪威向重慶中國戰區司令蔣介石卸任，經昆明、保山、印度返回美國。
這位雄心勃勃，為中國軍隊的整頓和裝備作出貢獻，並在中緬印戰場建立功績的美國將軍，在這場政治鬥爭中，無奈地黯然地退出了他付出大量心血的反法西斯中國戰區戰場。作為中國戰區參謀長的史迪威尚且如此，更何況僅為蔣介石一個馬前卒的宋希濂呢？